หม่อมเจ้าพูนพิศมัย  ดิสกุล  พระธิดาองค์หนึ่งของสมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงเล่าว่า " เมื่อครั้งเสด็จพ่อทรงผนวชเป็นพระภิกษุ  ได้เสด็จไปจำนำพรรษาอยู่ที่วัดนิเวศฯ  เพราะเมื่อกำลังสร่างวัดนี้ เสด็จพ่อทรงเป็นราชองครักษ์ ตามเสด็จฯ พระบาทสมเด็จพระพุทธเจ้าหลวง  ไปทอดพระเนตรการก่อสร้างทุกวัน สมเด็จพระพุทธเจ้าหลวงตรัสว่า  วัดนี้เงีบยสบาย  เจ้านายผนวชก็อยู่ได้  เสด็จพ่อจึงทูลรับว่า  ถ้าถึงปีทรงผนวชจะเสด็จมาอยู่  จึงโปรดเกล้าฯ ให้ปลูกตำหนักถวายหลังหนึ่ง  ซึ่งเป็นหอสมุดในวัดนี้ในปัจจุบัน (ปัจจุบันเป็นพิพิธภัณฑ์ตำหนักสมเด็จฯ)         

สมเด็จฯกรมพระยาดำรงราชานุภาพ ได้ทรงผนวชที่วัดนี้ เมื่อพุทธศักราช  ๒๔๒๖ เพื่อสนองพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว  ที่จะให้เจ้านายประจำพรรษาที่วัดนี้บ้าง  พระอาจารย์ของสมเด็จฯกรมพระยาดำรงราชานุภาพ คือ พระอมราภิรักขิต  เจ้าอาวาสวัดนิเวศธรรมประวัติองค์แรกในระหว่างที่ทรงจำพรรษาอยู่ที่วัดนี้  ได้ทรงตั้งโรงเรียนพระปริยัติธรรมขึ้น  และได้ทรงพระราชนิพนธิ์ตำราเรียน เล่ม ๑ เพื่อใช้สอนนักเรียนที่โรงเรียนของวัดนี้เป็นครั้งแรก