เจดีย์สัมพุทเธ  สร้างเมือ พ.ศ. ๒๕๒๙  ขนาดกว้าง ๓๕ เมตร ยาว ๑๕ เมตร โดยพระราชวีรากร อดีตเจ้าอาวาสวัดมณีไพรสณฑ์ และคณะศรัทธา ซึ่งในขณะนั้นพระราชวีรากร ดำรงตำแหน่งเจ้าคณะจังหวัดตาก

     เจดีย์สัมพุทเธ  เป็นเจดีย์ที่ได้ดัดแปลงมาจากประเทศพม่า (รูปแบบเจดีย์ชเวดากอง) ภายในเจดีย์สัมพุทเธ บรรจุพระพุทธรูปน้อยใหญ่ มีจำนวนประมาณ ๕๐,๐๐๐ กว่าองค์ ต่อมาเมื่อกาลเวลาผ่านไปนานหลายปี เจดีย์สัมพุทเธ ได้เกิดรอยรั่ว และทางวัดได้มีการซ่อมแซมบูรณะและต่อเติม เมื่อวันที่ ๑๓ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๕๒  ซึ่งในการบูรณะครั้งนี้ ทางวัดได้ใช้เงินงบประมาณจจากทางวัดส่วนหนึ่ง และจากผู้มีจิตศรัทธา รวมเป็นงบประมาณที่ใช้ในการซ่อมแซม ประมาณ ๒,๐๐๐,๐๐๐ ล้านกว่า

     เจดีย์สัมพุทเธ  หลังจากได้มีการบูรณะเรียบร้อยแล้ว  ภายในสัมพุทเธห้องโถง ได้มีการอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุจากสถานที่ต่าง ๆ ทั่วประเทศเพื่อให้คนได้สักการะบูชา และมีรูปปั้นหุ่นขี้ผึ้งของพระเกจิอาจารย์ต่าง ๆ เช่น หลวงพ่อโต วัดระฆัง , หลวงพ่อทวด วัดช้างไห้ , ครูบาเจ้าศรีวิชัย วัดบ้านปาง จังหวัดเชียงใหม่ และมีวัตถุโบราณซึ่งเป็นของเก่าแก่ ส่วนด้านบนสัมพุทเธ ได้บรรจบรรจุพระพุทธรูป ขนาดความกว้าง ประมาณ ๙ นิ้ว ลักษณะเป็นพระพุทธรูปศิลปะเชียงแสน สุโขทัย อู่ทอง ประดิษฐานไว้บนซุ้มชั้นบนของสัมพุทเธ จำนวน ๒๒๐ องค์ ซึ่งบูรณะเสร็จเมื่อวันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๕๔ ต่อมาทางวัดได้ทำการฉลองวิหารหลวงแก้วใหม่และเจดีย์สัมพุทเธ เมื่อวันอังคารที่ ๘ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๔ เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลในวโรกาสที่พระบาทสมเด็๗พระเจ้าอยู่หัวมีพระชนมพรรษาครบรอบ ๘๔ พรรษา ในปีพุทธศักราช ๒๕๕๔