โรงเรียนวัดขนุน ตั้งอยู่ หมู่ที่ 2 บ้านวัดขนุน ตำบลวัดขนุน อำเภอสิงหนคร จังหวัดสงขลา มีเนื้อที่ทั้งหมด 4 ไร่ 66.5 ตารางวา

สถานศึกษานี้เดิมชื่อ “โรงเรียนประชาบาลตำบลวัดขนุน 1 (วัดขนุน)” ตั้งอยู่ในวัดขนุนเลขที่ 125 หมู่ที่ 1 ตำบลวัดขนุน อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา อาศัยศาลาการเปรียญและใต้ถุนกุฏิเป็นสถานที่เรียน ต่อมากรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการให้เรียกชื่อใหม่ให้ตรงกับสถานที่ตั้งโรงเรียน “โรงเรียนวัดขนุน” ปัจจุบันได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งอยู่ในที่ดินสาธารณะประโยชน์ของตำบลวัดขนุน และที่ดินร่วมบริจาคของชาวบ้านในเขตพื้นที่ รวมประมาณ 4 ไร่เศษ ซึ่งตั้งอยู่นอกวัดขนุน ในเขตหมู่ที่ 2 ตำบลวัดขนุน อำเภอสิงหนคร จังหวัดสงขลา ทางราชการทำการเปิดการเรียนการสอน เมื่อวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2482 โดยนายอาภรณ์ มุตตามร นายอำเภอเมืองสงขลา ปัจจุบันโรงเรียนวัดขนุน ทำการสอน 2 ระดับ คือ ระดับชั้นอนุบาล 1 – 2 และระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 6 สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา สงขลา เขต 1 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ