วัดขวัญประชา เดิมมีชื่อว่า วัดตันหยงมะลิ ตั้งอยู่หมู่บ้านตันหยงมะลิ ถนนสุไหงโก-ลก - แว้ง ตำบลสุไหงโก-ลก จังหวัดนราธิวาส เดิมเป็นที่พักสงฆ์อยู่ริมฝั่งแม่น้ำสุไหงโก-ลก เป็นที่ดินสวนผลไม้มีเนื้อ ๑๗ ไร่ หลังจากนั้นได้เปลี่ยนมาอยู่ติดกับถนนสุไหงโก-ลก - แว้ง โดยมี นายขวัญ เป็นผู้บริจาคที่ดิน ๖ ไร่ ๓ งาน ๖๗ ตารางวา และมีหนังสืออนุญาตให้สร้างวัดโดยกรมศาสนาอนุญาตให้ นายอนันต์ สุวรรณราช สร้างวัดขึ้นที่บ้านตันหยงมะลิในวันที่ ๓๐ กรกฏาคม ๒๕๑๘ - ๒๕๒๙ ต่อมาได้มีประกาศจากสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่องพระราชทาน วิสุงคามสีมา ให้ชื่อวัดตันหยงมะลิ ว่า วัดขวัญประชา
ปัจจุบันเป็น น.ส. ๓ ก ได้รับเอกสารสิทธฺิ์ เมื่อวันที่ ๑๕ ธันวาคม ๒๕๒๗ และเนื้อที่ของวัดนั้นส่วนใหญ่อยู่บนเนื้อที่ทางราชการทำให้เนื้อที่ของวัดเหลือน้อย ดังนั้นนายอนันต์ สุวรรณราช ได้บริจาคที่ดินถวายวัดเพิ่ม
เจ้าอาวาสที่มาดำรงตำแน่ง จนถึงปัจจุบัน
๑. พระต้ม ธมมสโร
๒. พระจันทร์ กิตติโก
๓. พระครูกัลยาณ์กิตติคุณ (๒๘ พฤศจิกายน ๒๕๔๗ - ปัจจุบัน)