ตามการสันนิษฐานของกรมศิลปากร วัดกู่แก้วเป็นศาสนสถาน ก่อด้วยศิลาแลงประกอบด้วยปราสาทประธาน และวิหารตั้งอยู่ภายในกรอบกำแพงแก้วศิลาแลงรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ทางเข้าอยู่ที่ซุ้มประตูทางด้านทิศตะวันออก โบราณสถานแห่งนี้ สันนิษฐานว่าเป็นอโรคยาศาลหรือ โรงพยาบาล สร้างขึ้นในสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ มหาราชองค์สุดท้ายของเขมร ในราวพุทธศตวรรษที่ ๑๘ ได้รับอิทธิพลบายล โดยมีพระโพธิสัตว์ไภสัชยคุรุไวฑูรประภาผู้ทรงการแพทย์เป็นประติมากรรมที่สำคัญของศาสนสถาน