พิพิธภัณฑ์การแพทย์ศิริราชเป็นสถานที่จัดแสดงสิ่งของและอุปกรณ์ที่ใช้ในการเรียนการสอนของแต่ละภาควิชาโดยในปีพ.ศ. 2525 มี พิพิธภัณฑ์ที่เปิดรวม 13 แห่งปัจจุบันคงเหลือเพียง 6 แห่งที่สามารถเปิดให้ประชาชนทั่วไปได้ชม โดยแบ่งพื้นที่จัดแสดงไว้ 2 ส่วน คือ ตึกอดุลยเดชวิกรม ได้แก่ พิพิธภัณฑ์พยาธิวิทยาเอลลิส จัดแสดงเกี่ยวกับประวัติพยาธิวิทยาในประเทศไทย ห้องจำลอง การปฏิบัติงานทางพยาธิวิทยาที่ตึกเสาวภาคย์ในอดีตของโรงพยาบาลศิริราช แสดงระบบการทำงานของหัวใจปกติและโรคหัวใจ

พิพิธภัณฑ์นิติเวชศาสตร์ สงกรานต์ นิยมเสน เริ่มก่อตั้งในสมัยของ ศ.นพ.สงกรานต์ นิยมเสน ซึ่งท่านได้เป็นผู้ริเริ่มงานด้านนิติเวชศาสตร์ของศิริราช และดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชานิติเวชศาสตร์ในขณะนั้น จัดแสดงเกี่ยวกับนิติพยาธิ ชิ้นส่วนอวัยวะต่างๆของมนุษย์ ที่ตายด้วยโรคตามธรรมชาติ และตายโดยผิดธรรมชาติ และยาเสพติดชนิดต่างๆ วัตถุพยานจากคดีต่างๆ เช่น คดีฆาตกรรม ฆ่าตัวตาย อุบัติเหตุ ฯลฯ ที่มีการจัดแสดงกะโหลกศรีษะจำนวนมากที่ได้จากการทดลองยิงเพื่อการศึกษาทิศทางบาดแผลในระยะต่างๆ รวมทั้งเครื่องมือที่ใช้ในการชันสูตรพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่8 และมีการจัดแสดงศพต่างๆ เช่น ศพ ” ซีอุย ” ศพไม่เน่า เสื้อผ้าในวันเกิดเหตุของคดีนวลฉวี ฯลฯ

พิพิธภัณฑ์ ประวัติการแพทย์ไทย อวย เกตุ อดีตหัวหน้าแผนกสรีรวิทยาและเป็นอดีตหัวหน้าภาควิชาเภสัชวิทยาเป็นผู้รวบรวมเรื่องราวการแพทย์ของไทย ได้จัดสร้างพิพิธภัณฑ์เสร็จในปี พ.ศ. 2522 โดยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ เสด็จมาทรงเปิดเมื่อ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2522 สิ่งจัดแสดงที่สำคัญได้แก่ ประวัติและวิวัฒนาการการแพทย์ของไทย ร้านขายยาไทย พร้อมตัวอย่างสมุนไพรชนิดต่างๆ อุปกรณ์ในการปรุงยาไทย การคลอดและการอยู่ไฟ เฉลวหรือไม้ไผ่สานเป็นรูปดาวที่ใช้ปักบนหม้อต้มยา กระบองอาญาสิทธิ์ ที่แพทย์หลวงใช้ถือไปเก็บสมุนไพรได้ทุกที่ การนวดและอุปกรณ์ที่ใช้นวดและการรักษาโรคเบื้องต้นด้วยท่าฤาษีดัดตน การรักษาโรคด้วยไสยศาสตร์ ฯลฯ ขณะนี้สิ่งแสดงดังกล่าวจำนวนหนึ่งได้ย้ายมาจัดแสดงร่วมภายในพื้นที่ของพิพิธภัณฑ์นิติเวชศาสตร์เป็นการชั่วคราว

พิพิธภัณฑ์ปรสิตวิทยา ก่อตั้งโดย ศ.นพ. วิจิตร ไชยพร ในปี พ.ศ. 2513 โดยการเก็บรวบรวมตัวอย่างสิ่งแสดงจากผู้ป่วย จากการตรวจศพ ฯลฯ ไว้ใช้ในการเรียนการสอนนักศึกษาหลักสูตรต่างๆ โดยเฉพาะนักศึกษาแพทย์ แต่ในภายหลังมีการจัดแสดงแบ่งเป็นหมวดหมู่ และได้เปิดให้บุคคลทั่วไปได้เข้าชมด้วย เพื่อเป็นแหล่งความรู้ที่ต้องการ ให้คนดูตระหนักถึงอันตราย และโทษของการบริโภคแบบผิดๆ

และส่วนที่ 2 จัดแสดงภายในตึกกายวิภาคศาสตร์ได้แก่ พิพิธภัณฑ์กายวิภาคศาสตร์คองดอน ตั้งขึ้นโดย ศ.เอ็ดการ์ เดวิดสัน คองดอน ซึ่งเป็นผู้เข้ามาปรับปรุงการศึกษาแพทย์เมื่อ พ.ศ. 2470 ภายในพิพิธภัณฑ์มีส่วนจัดแสดงแบ่งเป็น 2 ห้อง คือ ห้องแรก แสดงสิ่งแสดงทางกายวิภาคทั่วไป ประกอบด้วย ภายวิภาคของอวัยวะรับความรู้สึกพิเศษ เช่น หู ตา จมูก ลิ้น การจัดแสดงระบบประสาท เป็นต้น ในห้องที่ 2 จัดแสดงเฉพาะกระดูกและข้อต่อ ประกอบด้วย การจัดแสดงกระดูกทุกชิ้นของร่างกาย รวมทั้งกะโหลกซึ่งแยกเป็นชิ้นๆ โครงกระดูกของบุคคลในวงการแพทย์ท่านต่างๆด้วย และสิ่งจัดแสดงที่สำคัญคือ เส้นประสาททั้งร่างกาย หลอดเลือดแดงทั้งร่างกาย ซึ่งเป็นสิ่งแสดงทางกายวิภาคที่มีอยู่ชิ้นเดียวในโลก คือในพิพิธภัณฑ์แห่งนี้เท่านั้น

พิพิธภัณฑ์ก่อน ประวัติศาสตร์และห้องปฏิบัติการ สุด แสงวิเชียร จัดแสดงเรื่องราววิวัฒนาการของมนุษย์ มี แผนภูมิวิวัฒนาการของสัตว์กลุ่มไปรเมทตั้งแต่ 70 ล้านปีจนถึงปัจจุบัน ต่อด้วยเรื่องก่อนประวัติศาสตร์ของพื้นโลก เริ่มจากแผนภูมิแสดงระยะเวลาสิ่งมีชีวิตเมื่อราว 550 ล้านปีมาแล้ว จนถึงกลุ่มสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมเมื่อประมาณ 70 ล้านปี มีการจัดแสดงเป็น 3สมัย สมัยหินเก่า มีเครื่องมือหิน อายุ มากกว่า 10,000 ปี สมัยหินกลาง มีเครื่องมือหิน อายุประมาณ 10,000 ปี และเครื่องใช้เครื่องประดับสมัยหินใหม่ อายุประมาณ 4,000 ปี รวมถึงเครื่องปั้นดินเผาเขียนสีแบบต่างๆ จากตัวอย่างสิ่งจัดแสดงทั้งหมดและหลักฐานที่ปรากฏอยู่ในพิพิธภัณฑ์นั้น ล้วนเป็นเป็นวัฒนธรรมของมนุษย์ในสมัยต่างๆ ที่เคยอาศัยอยู่ในประเทศไทย เปิดบริการเข้าชมตั้งแต่เวลา 9.00-16.00 น.ทุกวันจันทร์ - วันเสาร์ ยกเว้นพิพิธภัณฑ์และห้องปฏิบัติการเรื่องราวก่อนประวัติศาสตร์ สุด แสงวิเชียร เปิดทำการวันจันทร์- ศุกร์ ในเวลาเดียวกัน และทุกพิพิธภัณฑ์ปิดวันอาทิตย์และวันหยุดนักขัตฤกษ์

อัตราค่าเข้าชม คนไทย 20 บาท ชาวต่างประเทศ 40 บาท เด็ก นักเรียนในเครื่องแบบหรือผู้แสดงบัตรนักเรียน และภิกษุสามเณร เข้าชมฟรี