ในปี พ.ศ.2498 ได้มีการจัดตั้งสมาคมแพทย์แผนโบราณวัดพระเชตุพนฯ (วัดโพธิ์) ขึ้นโดยพระดำริของพระธรรมวโรดม (ปุ่น ปุณณสิริ) เจ้าอาวาสวัดพระเชตุพนในขณะนั้น (ต่อมาท่านได้เป็นสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณสมเด็จพระสังฆราชองค์ที่ 17) และต่อมาในปีพ.ศ.2500 ก็ได้มีีการจัดตั้งเป็นโรงเรียนแพทย์แผนโบราณวัดพระเชตุพนฯ เพื่อมุ่งเน้นอนุรักษ์ศาสตร์ทางด้านแพทย์แผนไทยไม่ให้สูญหายไป อีกทั้งเป็นการเผยแพร่ความรู้ด้านวิชาแพทย์แผนโบราณให้กับผู้ที่สนใจ โดยเริ่มต้นโรงเรียนได้เปิดสอนวิชาแพทย์แผนโบราณ ๓ สาขาวิชาตามกฎหมาย คือ สาขาเวชกรรมไทย สาขาเภสัชกรรมไทยและสาขาผดุงครรภ์ไทย

ต่อมาในปี พ.ศ.2505 ทางโรงเรียนได้รวบรวมความรู้เกี่ยวกับการนวดมาจัดทำเป็นหลักสูตรและเปิดสอนเพิ่มเติมคือหลักสูตรนวดแผนไทย (ต่อยอดจากกระแสพระราชดำรัสในพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เมื่อครั้งเสด็จฯ วัดโพธิ์ ในปี พ.ศ.2504) ตั้งแต่นั้นทางโรงเรียนฯ จึงมีการเรียนการสอนครบทั้ง 4 สาขาวิชามาจนถึงปัจจุบัน และในพ.ศ.2534 นายกำธร ตั้งตรงจิตร ผู้อำนวยการโรงเรียนในขณะนั้น (อดีตนายกสมาคมแพทย์แผนโบราณ) ได้จัดทำตำราการนวดฉบับมาตรฐานขึ้น โดยเชิญอาจารย์สอนนวดในวัดโพธิ์เข้าร่วมประชุมสัมมนา จัดวางแนว จัดผัง และลำดับการนวดให้ผ่านจุดแนวเส้นประธานทั้งสิบ เพื่อใช้เป็นท่านวดมาตรฐานสำหรับการเรียนการสอน คัดเลือกท่าดัดต่างๆ เก็บไว้แต่ท่าที่ปลอดภัยให้ผลดี ท่าไหนที่ไม่แน่ใจว่าปลอดภัยหรือไม่ก็ได้แยกไว้ หากผู้ใดจะนำไปปฏิบัติก็ให้ไตร่ตรองถึงคุณและโทษอย่างถี่ถ้วน ซึ่งตำราการนวดนี้ยังคงใช้เป็นมาตรฐานสำหรับการเรียนการสอนอยู่จนถึงปัจจุบันด้วย

ปัจจุบันมีโรงเรียนในเครือ 4 สาขา คือโรงเรียนนวดแผนโบราณเชตวัน (ซอยเพ็ญจันทร์ 1 ถนนมหาราช, แจ้งวัฒนะ, เชียงใหม่และศาลายา) โดยทั้ง 4 สาขา เปิดให้บริการด้านการเรียน - การสอน เกี่ยวกับการนวดไทย นวดเท้า นวดบำบัดรักษาโรคมาตั้งแต่ ปี พ.ศ.2536 และต่อมาได้มีการเพิ่มหลักสูตรเรียนใหม่ได้แก่ นวดน้ำมันและนวดน้ำมันหอมระเหย นวดเด็ก นวดผู้หญิงและหลักสูตรเพื่อทดสอบมาตรฐานฝีมือแรงงานระดับ 1 และระดับ 2 ซึ่งผู้สำเร็จการศึกษาก็ได้นำความรู้ไปประกอบอาชีพทั้งในและต่างประเทศ ทำให้โรงเรียนเป็นที่รู้จักและได้รับการยอมรับจากทั่วโลกในด้านแพทย์แผนไทย

นอกจากนี้ยังเปิดให้บริการนวดทั้งในและนอกสถานที่ ได้แก่ นวดไทย, นวดเท้า, นวดประคบ การเข้ากระโจมสำหรับผู้หญิงหลังคลอด เป็นต้น