วิหารพระเจ้าพันองค์ วัดปงสนุกเหนือ มีประวัติการสร้างตามที่บันทึกไว้ในหนังสือ "ประวัติวัดปงสนุกเหนือและประวัติบันทึกครูบาอาโนชัยธรรมจินดามุณี" ในส่วนที่เกี่ยวกับวิหารพระเจ้าพันองค์ ดังนี้ "จุลศักราช 1223 (พ.ศ.2414) เดือนเกี๋ยง ขึ้น 13 ค่ำ ข้าฯ (ตุ๊อาโนชัย) ได้ทำการบูรณปฏิสังขรณ์ก่อสร้างยัวิหารพระนอนและพระพุทธรูปเจ้านอนวัดปงสนุกเหนือ เสี้ยง (หมดสิ้น) สะตาย (ปูน) น้ำหนัก 1 ล้าน 1 แสน ใส่น้ำฮัก (รัก) 122 กระบอกและ 10,000 หม้อแก้ว (กระจก) 1,000 แผ่น ทองคำเปลว 18,830 แผ่น ตาปู 7,000 เล่ม ดินขอ (กระเบื้อง) 14,000 แผ่น จุลศักราช 1249 (พ.ศ.2430) ในปีที่ผ่านมา (จ.ศ.1248, พ.ศ.2429) ข้าฯ (ตุ๊อาโนชัย) ได้บูรณปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่วัดปงสนุกเหนือคือได้สร้างฉัตร 4 ใบ และซ่อมพระธาตุเจ้า สร้างวิหารหลังมียอด (มณฑป, วิหารพระเจ้าพันองค์) และวิหารหลังลุ่ม ตลอดถึงกุฏิ ฆ้อง กลอง ระฆัง ได้ก่อซุ้มประตูโขง สร้างพญานาคขึ้นบันไดทั้ง 3 ด้าน ปิดทองคำเปลวพระนอน สิ้นทองคำเปลวทั้งหมด 28,300 แผ่น ได้ก่อสร้างกำแพงรอบชั้นบน..."