บ้านคลองนครเนื่องเขต ตั้งอยู่ในเขตการปกครองของหมู่ที่ 2 , หมู่ที่ 3 , หมู่ที่ 4 , หมู่ที่ 5, หมู่ที่ 6 , หมู่ที่ 7 , หมู่ที 8 , หมู่ที่ 9 , หมู่ที่ 11 , หมู่ที่ 14 และ หมู่ที่ 17 ตำบลคลองนครเนื่องเขต อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา จังหวัดฉะเชิงเทรา

ความเป็นมาของชื่อบ้านคลองนครเนื่องเขต นั้น เนื่องจากแต่เดิมพื้นที่บริเวณแห่งนี้มีคลองน้ำไหลผ่าน ชื่อ คลองนครเนื่องเขต ประชาชนได้มาปลูกที่อยู่อาศัยบริเวณริมคลอง เป็นหมู่บ้าน เป็นชุมชน และเรียก

หมู่บ้านนี้ว่า บ้านคลองนครเนื่องเขต ตามเชื่อครองน้ำไหลผ่าน นั่นเอง ส่วนชื่อคลอง “นครเนื่องเขต” นั้นมาจากคลองนครเนื่องเขตแห่งนี้ ขุดขึ้นตามพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 เพื่อช่วยย่นระยะทางระหว่างเมืองบางกอกและฉะเชิงเทรา คลองเริ่มขุดตั้งแต่ปี พ.ศ. 2419 พระราชทานนามว่า"คลองนครเนื่องเขต" ซึ่งมีความหมายว่าสุดเขตพระนคร เป็นคลองยาว 530 เส้น 10 วา หรือ 212 กิโลเมตร กว้าง 6 วา ลึก 4 ศอก คลองนครเนื่องเขตแยกจากคลองแสนแสบในเขตหนองจอกกรุงเทพมหานคร ไปสิ้นสุดที่แม่น้ำบางปะกงตำบลคลองนครเนื่องเขต อ.เมืองจ.ฉะเชิงเทราตลอดสองฝั่งคลองเรียงรายไปด้วยสุเหร่า วัด และบ้านเรือนประชาชน เป็นจำนวนมาก ปัจจุบันได้ใช้เป็นคลองระบายน้ำในช่วงหน้าฝน เป็นเส้นทางคมนาคม ของประชาชน

บ้าน “คลองนครเนื่องเขต” จึงมีความผูกพันกับคลองนครเนื่องเขต เนื่องจากชุมชนแห่งนี้ก่อเกิดขึ้นมาพร้อม ๆ กับคลองนครเนื่องเขต และประชาชนได้ใช้น้ำในคลองนครเนื่องเขตสำหรับการอุปโภค และทำการเกษตรตลอดจนเป็นเส้นทางคมนาคมตั้งแต่อดีตจวบจนถึงปัจจุบัน นอกจากนี้ชุมชนบ้านคลองนครเนื่องเขต ยังมีตลาดโบราณคลองนครเนื่องเขต ซึ่งเป็นแหล่งท่องเที่ยวที่สำคัญของจังหวัดฉะเชิงเทรา ตั้งอยู่