วัดนาคาเทวี เป็นวัดเก่าแก่คู่บ้านคู่เมืองของชาวตำบลนาข่า ตั้งอยู่ในเขตเทศบาลตำบลนาข่า สภาพเดิมวัดนาคาเทวีเป็นเนินเขาที่มีขนาดไม่สูงนัก ที่เรียกกันว่า ภูน้อย (คำว่า ภู ภาษอีสาน หมายถึง ภูเขา) เป็นป่าดงดิบ มีสัตว์ป่านานาชนิดอาศัยอยู่มากมาย เป็นที่น่าเกรงกลัวของชาวบ้าน จนไม่มีใครกล้าที่จะผ่านบริเวณนี้

เมื่อสมัยปี พ.ศ. ๒๔๕๔ หลวงปู่หน่อย ญาณยุตโต (สกุลเดิม ละชินลา) ซึ่งเป็นชาวบ้านตำบลนาพู่ อำเภอเพ็ญ จังหวัดอุดรธานี ได้อุปสมบทจำพรรษาอยู่ที่วัดบัวจูม (บ้านขาวในปัจจุบัน) ได้ธุดงค์มาพร้อมกับชาวบ้าน ๕ ครอบครัว ประกอบด้วย ๑. นายอ่ำ กัลป์ยาบุตร ๒. นายไทโท่ ๓. นายใหญ่ ละชินลา ๔. นายคำมี หนูราช และ ๕. นายรอด วะจีประศรี หลวงปู่หน่อยได้ปักกรดจำพรรษา ณ ภูน้อยแห่งนี้ และได้ทำการเสี่ยงไม้วา (เป็นประเพณีดั้งเดิมของการเสี่ยงทาย) เมื่อทำการเสี่ยงทายเป็นที่เรียบร้อยแล้ว หลวงปู่หน่อยได้เอ่ยวาจาขึ้นว่า “ คั้นเฮ็ดดีสิเป็นบ้านเป็นเมือง คั้นเฮ็ดบ่ดีสิได้หอบผ้าแลนข้ามทุ่ง ” เมื่อได้ขออนุญาตเป็นที่เรียบร้อยแล้ว หลวงปู่หน่อยก็ได้เดินสำรวจบริเวณวัดขณะที่ปฏิบัติธรรม ปรากฏว่าสถานที่แห่งนี้คงจะเป็นวัดร้างที่มีผู้คนอาศัยมาก่อน เพราะได้พบเห็นฐานพร้อมพระพุทธรูปแต่ไม่มีเศียร และบริเวณใกล้กันได้พบเห็นสิ่งมหัศจรรย์ ลักษณะเป็นรูเล็กๆ อยู่ด้านหลังอุโบสถเก่า (ความกว้าง ๑๕ นิ้ว) ความลึกไม่ปรากฏชัดเจน เมื่อถึงวันพระวันโกนชาวบ้านจะเห็นควันพวยพุ่งออกมาจากรู และเล่าขานสืบกันมาว่า ถ้าวันใดมีควันลอยพวยพุ่งออกมา ในไม่ช้าฝนจะตกลงมาทุกครั้ง ซึ่งเป็นสิ่งที่น่าอัศจรรย์ยิ่งนัก บริเวณวัดแต่ก่อนจะมีประวัติศาสตร์ความเป็นมาจากการสอบถามผู้สูงอายุในหมู่บ้าน บริเวณหน้าวัดนาคาเทวีจะมีต้นยางคู่ มีบ่อน้ำ และบริเวณด้านทิศเหนือจะมีแอ่งน้ำที่เรียกว่า บวกเงือก ซึ่งน้ำจะไม่แห้งตลอดปี (ปัจจุบันถมเป็นที่เรียบร้อยแล้ว) ถ้าวันใดฝนตกจะมีงูใหญ่มาเล่นน้ำเป็นประจำ ในช่วงวันพระวันโกน และวันเข้าพรรษาจะได้ยินเสียงฆ้องดังกระหึ่ม มีดวงแก้วลอยออกมา มีควันพวยพุ่งออกมาจากรู และได้ยินเสียงดังกึกก้องเป็นประจำ ซึ่งเป็นสิ่งที่น่าอัศจรรย์ยิ่งนัก ตามที่หลวงปู่หน่อยได้นิมิตว่าสถานที่แห่งนี้เป็นที่อาศัยของพญานาคตัวเมียที่คอยปกปักรักษาคุ้มครองผู้ที่ประพฤติปฏิบัติชอบ และเชื่อกันว่าเสียงร้องที่ดังออกจากรูเป็นเสียงร้องของ “ พญานาคตัวเมีย ” หลวงปู่หน่อยจึงได้ตั้งวัดขึ้น ณ แห่งนี้ โดยตั้งชื่อว่า “ วัดนาคาทวี ” และตั้งชื่อหมู่บ้านว่า “ บ้านนาคา ” ต่อมาชื่อหมู่บ้านเรียกผิดเพี้ยนไปเป็น “ บ้านนาข่า ” แต่วัดยังเป็นชื่อวัดนาคาเทวีเช่นเดิม