เป็นวัดที่มีความสงบร่มเย็น โอบล้อมด้วยภูเขา และป่าไม้ ตั้งอยู่บนเนินเขาเล็ก ๆ และเป็นดั่งศูนย์รวมศรัทธาของลูกศิษย์ที่มีความเลื่อมใสในหลวงปู่ทา จารุธมฺโม และพระอาจารย์ชื่อดังอีกหลาย ๆ ท่าน

ถ้ำซับมืดถูกพบในพี พ.ศ. 2478 โดยเริ่มแรกนั้นชาวบ้านได้บุกเบิกพื้นที่เพื่อทำการเกษตร ได้พบถ้ำที่มีความมืดครึ้มตลอดทั้งวัน มีน้ำซับ (น้ำผุด) จากแอ่งหิน ชาวบ้านที่มาทำไร่ได้อาศัยใช้สอยดื่มกิน จึงเรียกบริเวณนี้ว่า ถ้ำซับมืด

จากนั้นในปี พ.ศ. 2480 หลวงปู่สีลา อิสฺสโร ซึ่งเป็นศิษย์อาวุโสรูปหนึ่งของท่านพระอาจารย์มั่น ภูริทตฺโต วัดป่าโพธิ์ อ.รัตนบุรี จ.สุรินทร์ ได้เดินทางธุดงค์มายังปากช่อง แล้วได้พบถ้ำซับมืด จึงหยุดพักปักกลด และบำเพ็ญภาวนาอยู่ที่ถ้ำแห่งนี้ ต่อมาชาวบ้านเกิดความศรัทธา จึงได้นิมนต์ท่านอยู่จำพรรษา ถวายที่ดินให้เป็นที่พักสงฆ์ และช่วยกันปรับปรุงถ้้ำให้เป็นที่อยู่จำพรรษา

กระทั่งปี พ.ศ. 2498 พระครูญาณโศภิต (มี ญาณมุนี) วัดป่าสูงเนิน อ.สูงเนิน จ.นครราชสีมา พระอาจารย์ใหญ่ของหลวงพ่อสีลา อิสฺสริโก หลวงพ่อทา จารุธมฺโม หลวงพ่อสุพิน ปภสฺสโร หลวงพ่อสุพีร์ สุศญฺญโม ได้มาอยู่จำพรรษาอบรมชาวบ้าน และพัฒนาวัดเรื่อยมา ปัจจุบันวัดมีพื้นที่ 50 ไร่ ทิศเหนือจรดภูเขา ทิศใต้จรดภูเขา ทิศตะวันออกจรดไร่ชาวบ้าน และทิศตะวันตกจรดภูเขา

ภายในวัดจะมีเจดีย์ 9 ยอด หรือเจดีย์พุทธญาณมุนีรัตน์จารุธัมมานุสรณ์ ซึ่งเป็นที่ประดิษฐานของพระบรมธาตุ พระอัฐิธาตุ และรูปเหมือนหลวงปู่ทา หลวงปู่หมี หลวงปู่มั่น หลวงปู่เสาร์ ให้พุทธศาสนิกชนได้กราบไหว้เพื่อความเป็นสิริมงคล