ไม่มีประวัติของวัดเป็นหลักฐานว่าสร้างเมื่อใด สมัยไหน เพียงเล่าสืบกันมาว่า เดิมเป็นสำนักสงฆ์สมัยต้นกรุงธนบุรี สร้างมาประมาณ 200 ปีเศษ ชาวรามัญได้อพยพเข้ามาทำมาหากินเป็นจำนวนมาก จึงได้พร้อมใจกันสร้างสำนักสงฆ์แห่งนี้ขึ้น เพื่อเป็นสถานที่บำเพ็ญกุศลและกระทำพิธีทางศาสนา ตั้งขึ้น พ.ศ. ๒๔๓๐ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ ๓๐ ตุลาคม พ.ศ.๒๔๗๙

ปรับปรุงข้อมูล ครั้งที่ ๑

วัดคลองครุ ตั้งอยู่เลขที่ ๒ บ้านคลองครุ ถนนเศรษฐกิจ ๑ หมู่ที่ ๘ ตำบลท่าทราย อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร สังกัดคณะสงฆ์มหานิกาย ที่ดินตั้งวัดมีเนื้อที่ ๑๖ ไร่ โฉนดที่ดินเลขที่ ๘๑๔๓ อาณาเขต ทิศเหนือ จดโรงเรียนวัดคลองครุ ทิศใต้ จดคลองครุ ทิศตะวันออก จดที่เอกชน ทิศตะวันตก จดถนนเศรษฐกิจ มีที่ธรณีสงฆ์ จำนวน ๒ แปลง เนื้อที่ ๓๑ ไร่ ๔๐ ตารางวา โฉนดที่ดินเลขที่ ๒๐๑๖,๒๐๑๕ อาคารเสนาสนะ ประกอบด้วย อุโบสถ กว้าง ๖ เมตร ยาว ๑๔ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ.๒๔๘๔ เป็นอาคารไม้ ศาลาการเปรียญ กว้าง ๑๗ เมตร ยาว ๔๘ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ.๒๕๓๐ เป็นอาคารไม้ หอสวดมนต์ กว้าง ๑๐ เมตร ยาว ๔๔ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ.๒๕๓๖ เป็นอาคารไม้ กุฏิสงฆ์ จำนวน ๒ หลัง เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก ศาลาอเนกประสงค์ กว้าง ๑๒ เมตร ยาว ๒๔ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ.๒๕๔๐ เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก ศาลาบำเพ็ญกุศล จำนวน ๑ หลัง สร้างด้วยคอนกรีตเสริมเหล็ก ปูชนียวัตถุมี พระประธานประจำอุโบสถ

วัดคลองครุ ตั้งเมื่อ พ.ศ.๒๔๓๐ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ ๓๐ ตุลาคม พ.ศ.๒๔๗๙ เขตวิสุงคามสีมา กว้าง ๑๒ เมตร ยาว ๒๖ เมตร การบริหารและการปกครอง มีเจ้าอาวาสเท่าที่ทราบนาม คือรูปที่ ๑ พระเฒ่า รูปที่ ๒ พระอธิการปิ่น พ.ศ.๒๕๐๖ รูปที่ ๓ พระครูสาครสีลคุณ พ.ศ. ๒๕๐๗ –ปัจจุบัน การศึกษา มีโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกธรรม เปิดสอนเมื่อ พ.ศ.๒๕๐๐ ศูนย์อบรมเด็กก่อนเกณฑ์ในวัด เปิดสอนเมื่อ พ.ศ.๒๕๔๓ และโรงเรียนผู้ใหญ่วัด เปิดสอนเมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๒