วัดนาคูโมทนามัยปุญญาราม เป็นวัดราษฎร์ สังกัดคณะสงฆ์มหานิกาย ที่ดินตั้งวัดมีเนื้อที่ 11 ไร่ 3 งาน เดิมตั้งเป็นสำนักสงฆ์ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2442 ซึ่งเป็นสมัยรัชกาลที่ 5 และได้รับอนุญาตให้ตั้งวัดเมื่อปี พ.ศ. 2482

วัดนาคูโมทนามัยปุญยธาราม เดิมชื่อว่า " วัดโมทนามันปุญญาราม " ต่อมาได้มีการขุดคูลัดข้างวัดไปคลองบางกะไห เพื่อความสะดวกในการสัญจรไปมา ชางบ้านจึงเรียกชื่อว่า " วัดนาคู " ต่อมาได้มีการเปลี่ยนชื่อวัดเพื่อความเหมาะสม จึงได้ตั้งชื่อว่า " วัดนาคูโมทนามัยปุญญาราม "

วัดนาคูโมทนามัยปุญญราม ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อปี พ.ศ.2430 เขตวิสุงคามสีมา กว้าง 40 เมตร ยาว 80 เมตร วัดนาคู เป็นสถานที่ที่่ประชาชนชาวชนตำบลบางกะไห และตำบลใกล้เคียงใช้ประกอบพิธีกรรมทางศาสนา และจัดงานวัฒนธรรมประเพณี ปัจจุบันมีพระครูประโชติวุฒิคุณเป็นเจ้าอาวาส ทำหน้าที่ในการบริหารและปกครองวัด