กรมศิลปากร ได้ตั้งหน่วยศิลปากรขึ้นในภูมภาค เพื่อรับผิดชอบดูแลพื้นที่ทั่วประเทศ ภารกิจหลักคือหน้าที่ควบคุมดูแลรักษา บูรณะปฏิสังขรณ์โบราณวัตถุสถาน และศึกษาค้นคว้าทางโบราณคดี สำหรับภาคใต้ตอนล่างเดิมควบคุมดูแลโดย หน่วยศิลปากรที่ 9 สงขลา สังกัดกองโบราณคดี ดูแลพื้นที่ 7 จังหวัด ได้แก่ สงขลา พัทลุง ตรัง สตูล ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส ต่อมากรมศิลปากรได้ปรับปรุงโครงสร้างของกรมศิลปากรใหม่ตามพระรากฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการของกรศิลปากร กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2538 ในส่วนของงานด้านโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ได้ก่อตั้งสำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติสาขาทั่วประเทศจำนวน 12 สำนักงาน ในพื้นที่ภาคใต้ตอนล่าง (สงขลา ยะลา ปัตตานี นราธิวาส และสตูล) อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑ์แห่งชาติที่ 10 สงขลา ต่อมาได้มีการปฏิรูประบบราชการ หน่วยงาน และสถานศึกษาของกรมศิลปากร ลงวันที่ 14 พฤศจิกายน 2546 สำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติ ที่ 10 สงขลา จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น สำนักงานศิลปากรที่ 13 สงขลา สำนักโบราณคดี กรมศิลปากร กระทรงวัฒนธรรม ต่อมาได้มีกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรม ศิลปากร กระทรวงวัฒนธรรม (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2549 ลงวันที่ 5 มิถุนายน 2549 เรื่องการจัดตั้งสำนักศิลปากรที่ 1-5 เป็นส่วนราชการภายในกรมศิลปากร กระทรวงวัฒนธรรม สำนักงานศิลปากรที่ 13 สงขลา จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น สำนักศิลปากรที่ 13 สงขลา ตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม 2549 เป็นต้นมา รับผิดชอบพื้นที่ภาคใต้ตอนล่าง คือ สงขลา ปัตตานี ยะลา นราธิวาส และสตูล