มูลนิธิวัดมงคลทับคล้อ ตั้งขึ้นตามดำริของพระเทพญาณเวทีอดีตเจ้าสำนักเรียนวัดมงคลทับคล้อ รองเจ้าคณะภาค 4 (ปัจจุบันมรณภาพแล้ว) โดยยื่นคำขอจดทะเบียนและได้รับใบอนุญาตจัดตั้งสมาคมหรือองค์กร จากสำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2525 เลขที่อนุญาตที่ ต.300/2525 ต่อมาได้รับอนุญาตให้จดทะเบียนมีฐานะเป็นนิติบุคคล จากกระทรวงมหาดไทย เลขทะเบียนลำดับที่ 1873 ลงวันที่ 8 พฤศจิกายน 2525 ทุนจดทะเบียนดำเนินการครั้งแรก 285,300.-บาท มีวัตถุ ประสงค์เพื่อสนับสนุนส่งเสริมการศึกษาและการศาสนา ซ่อมแซมและบำรุงวัดมงคลทับคล้อ ช่วยเหลือสงเคราะห์การกุศล ร่วมมือกับองค์การกุศลอื่นๆ และไม่เกี่ยวข้องกับการเมือง มีเครื่องหมายของมูลนิธิ เป็นรูปวงกลมสองวงซ้อนกัน วงกลมรอบนอกด้านบนมีคำว่า พวกเราต้องรักกัน ด้านล่างมีคำว่า มูลนิธิวัดมงคลทับคล้อ ภายในวงกลมมีรูปคบเพลิง 1 อัน มีเปลวไฟ 3 แฉก และมีอักษรย่อว่า มม.ท. ทับด้ามคบเพลิง

ต่อมาเมื่อพระเทพญาณเวที เจ้าสำนักเรียนได้มรณภาพลง จึงยื่นขอรับการจดทะเบียนเปลี่ยนแปลงกรรมการมูลนิธิ และได้รับการอนุญาต ตามแบบ ม.น. ๒ เลขหมายทะเบียน พจ 19 ลงวันที่ 27 กรกฎาคม 2537 มีพระสุทธิวราภรณ์ (ปัจจุบันคือ พระราชพุฒิเมธี เจ้าอาวาสวัดมงคลทับคล้อ และเจ้าคณะจังหวัดพิจิตร)เจ้าสำนักเรียน เป็นผู้จัดการ มีนายสุรินทร์ พิณเขียว เป็นเลขานุการมูลนิธิ และนายเชียงศักดิ์ ทองประเสริฐ เป็นเหรัญญิก