สถานสงเคราะห์เด็กบ้านแคนทองจังหวัดขอนแก่นตั้งอยู่ ถนนกสิกรทุ่งสร้าง ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่น
ประวัติความเป็นมาเดิมชื่อสถานแรกรับเด็กชายภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จังหวัดขอนแก่น สังกัดกรมประชาสงเคราะห์ เปิดดำเนินการเมื่อวันที่ 20 เมษายน 2514 เพื่อให้การอุปการะชั่วคราวเด็กชายอายุ 7-18ปี ที่มีภูมิลำเนาในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ซึ่งกำพร้า ไร้ที่พึ่ง เร่ร่อน จรจัด พลัดหลง ครอบครัวแตกแยก ฐานะยากจนและมีความประพฤติไม่สมควรแก่วัย และเมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2528 กรมประชาสงเคราะห์ ได้อนุมัติให้เปิดหน่วยงานสงเคราะห์เด็กอ่อนขึ้น ภายในบริเวณสถานแรกรับเด็กชายฯ เพื่อลดค่าใช้จ่ายและแบ่งเบาภาระของสถานสงเคราะห์ในส่วนกลาง อีกทั้งเพื่อขยายบริการด้านสวัสดิการสังคมในการสงเคราะห์เด็กอ่อนในส่วน ภูมิภาคให้ทั่วถึงตามนโยบายรัฐบาล โดยให้การอุปการะเลี้ยงดูเด็กชายหญิงอายุแรกเกิดถึง 6ปี ในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่าง รวม 8 จังหวัด ได้แก่ นครราชสีมา ชัยภูมิ สุรินทร์ บุรีรัมย์ ยโสธร ศรีสะเกษ อุบลราชธานี และขอนแก่น ที่เป็นเด็กถูกทอดทิ้งไร้ที่พึ่ง ขาดผู้อุปการะหรือได้รับการเลี้ยงดูไม่เหมาะสม จำนวน 50 คน โดยอาศัยอัตรากำลังของสถานแรกรับเด็กชายฯ
ต่อมาเมื่อวันที่ 9 ตุลาคม 2539 กรมประชาสงเคราะห์ ได้มีคำสั่งให้เปลี่ยนแปลงสถานแรกรับเด็กชายภาคตะวันออกเฉียงเหนือ เป็นสถานสงเคราะห์เด็กบ้านแคนทอง จังหวัดขอนแก่น เพื่อให้การสงเคราะห์เด็กในรูปของสถานสงเคราะห์เด็กอ่อนโดยตรง และย้ายเด็กโตจากสถานแรกรับเด็กชายฯ ไปรวมกับสถานคุ้มครองสวัสดิภาพเด็กภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จังหวัดขอนแก่น ต่อมาปี2545 รัฐบาลได้ปฏิรูประบบราชการและได้ออกพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจ หน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรัปบรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 สถานสงเคราะห์เด็กบ้านแคนทอง จึงโอนไปสังกัดกรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน 2545 เป็นต้นมา