วัดคลองแหตั้งอยู่ที่หมู่ 4 ตำบลคลองแห อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา วัดคลองแหสร้างขึ้นราวปี พ.ศ. 2260แต่เดิมเรียกว่า "วัดคลองฆ้องแห่" เนื่องจากในสมัยก่อน มีการแห่ทรัพย์สมบัติมาจากทางไทรบุรี กลันตัน และตรังกานู เพื่อรวบรวมไปบรรจุที่พระบรมสารีริกธาตุ จังหวัดนครศรีธรรมราช โดยระหว่างที่แห่สมบัติมีการตีฆ้องที่ดังมาก ซึ่งในตอนนั้นขบวนแห่สมบัติได้มาค้างแรมที่บริเวณวัด โดยระหว่างที่พักค้างแรมอยู่นั้นได้ทราบข่าวว่ามีการบรรจุพระบรมสารีริกธาตุเสร็จเรียบร้อยแล้วถึงเดินทางไปตอนนี้ก็ไม่ทันแล้ว ผู้นำสมบัติมาส่วนใหญ่ซึ่งเป็นเจ้าขุน คุณนาย เจ้าเมือง และเหล่าคนชั้นสูงทั้งหลาย จึงตั้งจิตอธิฐานเอาไว้ว่า "เราจะไม่นำทรัพย์สมบัตินี้กลับไป คือเราจะฝังไว้ตรงนี้เป็นพุทธบูชา" จากนั้นก็จึงจัดแจงฝังทรัพย์สมบัติลงในบริเวณวัด โดยในการฝังทรัพย์สมบัตินี้มีการฆ่าคน เพื่อให้ดวงวิญญาณอยู่เฝ้าสมบัติในบริเวณดังกล่าวด้วย พื้นที่ๆมีการฝังทรัพย์สมบัติอยู่ มีลักษณะเป็นกองดินสูงขึ้นมา ชาวบ้านมักเรียกว่า "โคกนกคุ่ม" ต่อมาจึงเรียกคลองซึ่งห้อมล้อมบริเวณดังกล่าวว่า "คลองฆ้องแห่" ซึ่งภายหลังชาวบ้านและและผู้มีจิตศรัทธาในพระพุทธศาสนาได้ร่วมแรงร่วมใจกันสร้างวัดขึ้นมาในบริเวณที่ฝังสมบัติ แล้วเรียกชื่อวัดตามคลองนั้นว่า "วัดคลองฆ้องแห่" เสมียนที่ทำงานในอำเภอซึ่งส่วนใหญ่เป็นคนจีน เรียกให้สั้นลงเป็น "วัดฆ้องแห่" ต่อมาจึงเพี้ยนมาเป็น "วัดคลองแห" ดังปรากฏจวบจนปัจจุบัน
วัดคลองแห สังกัดคณะสงฆ์มหานิกาย มีที่ดินตั้งวัดเนื้อที่ 31 ไร่ 1 งาน 11 ตารางวา น.ส. 3 เลขที่ 819 อาณาเขต ทิศเหนือยาว 190 วา ติดต่อกับคลองแห ทิศใต้ยาว 175 วา ติดต่อกับที่ดินเอกชน ทิศตะวันออกยาว 200 วา ติดต่อกับทางสาธารณะ ทิศตะวันตกยาว 205 วา ติดต่อกับคลองเตย
พื้นที่ตั้งวัดเป็นที่ราบสูง ริมคลองแห อาคารเสนาสนะต่างๆ มี อุโบสถกว้าง 9.50 เมตร ยาว 15.50 เมตร สร้าง พ.ศ. 2493 ศาลาการเปรียญกว้าง 9.50 เมตร ยาว 18.20 เมตร
สร้าง พ.ศ. 2487 โครงสร้างก่ออิฐถือปูน กุฏิสงฆ์ จำนวน 7 หลัง โครงสร้างเป็นอาคาร 2 ชั้น ครึ่งตึกครึ่งไม้ และอาคารไม้ สำหรับปูชนียวัตถุมีพระประธานในอุโบสถ พระเพลากว้าง 1 เมตร เป็นพระพุทธรูปปั้นด้วยปูนขาว สร้างประมาณ พ.ศ. 2440-2450 พระพุทธรูปหล่อด้วยสัมฤทธิ์ และพระพุทธรูปศิลาขาว ปางสมาธิ ศิลปสมัยเชียงแสน พระเพลากว้าง 43 เซนติเมตรเท่ากัน ซึ่งพระภิกษุช่วยนำมาจากประเทศพม่า เมื่อ พ.ศ. 2460 และพระพุทธรูปสัมฤทธิ์ ปางลีลา สูง 125 เซนติเมตร สร้าง พ.ศ. 2500
ที่ดินตั้งวัดเป็นของพระอธิการยกกลิ่น ได้รับมรดกจากบรรพบุรุษได้บริจาคให้เป็นที่สร้างวัด และได้เป็นเจ้าอาวาสรูปแรก วัดนี้ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาประมาณ พ.ศ. 2450 เขตวิสุงคามสีมากว้าง 15 เมตร ยาว 25 เมตร การศึกษาทางวัดได้เปิดสอนพระปริยัติธรรมตั้งแต่ พ.ศ. 2484 เป็นต้นมา นอกจากนี้ยังได้ให้ทางราชการจัดสร้างโรงเรียนประถมศึกษาขึ้นในที่วัดเนื้อที่ 7 ไร่ อีกด้วย
เจ้าอาวาส มี ๙ รูป คือ รูปที่ 1 พระอธิการยกกลิ่น รูปที่ 2 พระอธิการหนอน รูปที่ 3 พระอธิการปลอด รูปที่ 4 พระอธิการอ้น รูปที่ 5 พระอธิการรุ่ง ปุญฺญพโล รูปที่ 6 พระอธิการอั้น ถึง พ.ศ. 2482 รูปที่ 7 พระอุปัชฌาย์ทอง คงฺฆสฺสโร พ.ศ. 2482-2505 รูปที่ 8 พระอธิการบุญ ภาสโร ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ พ.ศ. 2505 โดยมีพระครูปลัดสมพร ฐานธมฺโม เป็นเจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน (รูปที่ 9) ซึ่งวัดคลองแหโด่งดังมากในช่วงที่หลวงปู่ทองยังมีชีวิตอยู่ ชาวบ้านเชื่อกันว่าท่านเป็นผู้มีวาจาสิทธิ์ อีกทั้งท่านยังเป็นพระนักพัฒนาที่ชาวบ้านให้ความเลื่อมใส ศรัทธา เป็นอันมากอีกด้วย