วัดขมิ้นตั้งอยู่ริมคลองมหาไชย ฝั่งด้านทิศตะวันออก ในเขตตำบลหัวรอ อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
วัดขมิ้นไม่ปรากฏหลักฐานการสร้างในเอกสารทางประวัติศาสตร์ แต่ปรากฏชื่อในเหตุการณ์สำคัญสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชาว่า โปรดให้ชาวมอญซึ่งนำโดยพระยาเกียรติพระยาราม (ต่อมามีความสำคัญในฐานะเป็นบุพการีของราชวงศ์จักรี) ที่ตามเสด็จสมเด็จพระนเรศวรมหาราชมาจากเมืองแครงได้มาตั้งถิ่นฐาน ณ ตำบลบ้านขมิ้น ละแวกวัดขุนแสน ซึ่งเป็นบริเวณที่ใกล้กับพระราชวังจันทรเกษมของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช พื้นที่ตำบลวัดขมิ้นน่าจะมาจากชื่อของ “วัดขมิ้น”ซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นวัดเก่าแก่ สร้างมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนต้น
ในหนังสือตำนานวังหน้าของสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ระบุว่าเขตวังหน้าเดิมกว้างกว่าแนวกำแพงในปัจจุบันนี้มาก วัดเสนาสนาราม และวัดขมิ้น อยู่ในเขตวัง เพราะได้พบฐานรากพระราชมณเฑียร บัวหัวเสา บัวโคนเสา และฐานระหัดวิดน้ำ ในบริเวณที่กล่าวถึงหลายแห่ง
วัดขมิ้นปรากฏชื่ออีกครั้งในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 เมื่อมีการบูรณะโบราณสถานในบริเวณนี้ และต่อมาได้พระราชทานให้เป็นพื้นที่คุมขังนักโทษ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ดังเช่นที่เห็นในปัจจุบัน
ภายหลังจากดำเนินการขุดแต่งโบราณสถานภายในวัดพบเจดีย์ประธาน ฐานรากของวิหาร และฐานรากของเจดีย์ราย 2 องค์ รวมทั้งฐานรากแนวกำแพงวัดและซุ้มประตู
เจดีย์ประธาน มีสภาพสมบูรณ์ สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นใหม่ในสมัยรัชกาลที่ 4 เป็นเจดีย์ทรงระฆังบนฐาน 8 เหลี่ยม โดยชั้นล่างสุดเป็นฐานบัวลูกแก้วอกไก่ 4 เหลี่ยม ซึ่งเป็นอิทธิพลของลักษณะสถาปัตยกรรมสมัยอยุธยาตอนต้น ดังเช่น เจดีย์วัดหลังคาขาว วัดสุวรรณาวาส วัดจงกลม และวัดพระงาม ฯลฯ
วิหาร และเจดีย์ราย 2 องค์ ปัจจุบันเหลือเพียงฐานรากทำให้ไม่สามารถสันนิษฐานรูปทรงที่สมบูรณ์ได้ การกำหนดอายุเชื่อว่ามีมาตั้งแต่สมัยแรกสร้างวัดขมิ้นหรือมีอายุในสมัยอยุธยาตอนต้นถึงสมัยอยุธยาตอนกลาง หรือมีมาก่อนสมัยการสร้างพระราชวังจันทรเกษมในสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชา ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 4 เมื่อมีการสร้างเรือนจำมณฑลกรุงเก่า จึงถูกถมปรับพื้นที่จนราบเรียบเพื่อที่ทางเรือนจำจะใช้ประโยชน์จากพื้นที่ดังกล่าว
โดย...วัฒนธรรมอำเภอพระนครศรีอยุธยา
สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดพระนครศรีอยุธยา