วัดท่าขนุน ตั้งอยู่เลขที่ ๒๓๕ หมู่ที่ ๑ บ้านท่าขนุน ตำบลท่าขนุน อำเภอทองผาภูมิ จังหวัดกาญจนบุรีได้ชื่อตามเมืองด่านท่าขนุน สมัยนั้นการสัญจรส่วนมากไปทางเรือที่ล่องตามลำน้ำแควน้อย จุดที่ตั้งของเมืองด่านท่าขนุนเป็นท่าเรือ มีที่หมายสำคัญคือมีต้นขนุนอยู่หลายต้น จึงเรียกกันง่าย ๆ ว่า “ท่าขนุน” จนกลายเป็นชื่อบ้านนามเมืองตั้งแต่นั้นมา

หลักฐานการมีวัดท่าขนุนมาปรากฏชัด เมื่อครั้งที่พระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์เจ้าอรประพันธรำไพ และพระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์เจ้าอดิศัยสุริยาภา สองพระราชธิดาในล้นเกล้ารัชกาลที่ ๕ กับเจ้าจอมมารดาอ่อน เสด็จมาประพาสป่าทองผาภูมิทั้งสองพระองค์มีพระอุปนิสัยรักการผจญภัย ชอบเสด็จประพาสป่าเป็นชีวิตจิตใจ เมื่อเสด็จประพาสทองผาภูมิแล้วเกิดชอบพระทัยในสภาพป่า จึงได้เสด็จมาอีกครั้งหนึ่ง

ในการเสด็จครั้งหลังนี้เอง ทั้งสองพระองค์ได้ทูลขอพระราชทานพระพุทธรูปรัชกาล ขนาดหน้าตักประมาณ ๑ ศอก ๒ องค์ และธรรมาสน์ทรงบุษบกฝีมือช่างหลวง ถอดประกอบได้ทุกชิ้น จากในหลวงรัชกาลที่ ๗ มาถวายแก่หลวงปู่พุก อุตฺตมปาโล อดีตเจ้าอาวาสวัดท่าขนุน เมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๒

หลวงปู่พุกปกครองดูแลวัดท่าขนุนมาจนถึง พ.ศ. ๒๔๘๙ ก็มรณภาพลง ชาวบ้านจึง ได้นิมนต์หลวงปู่เต๊อะเน็งชาวกะเหรี่ยงนอก (มาจากพม่า) มาเป็นเจ้าอาวาสวัดท่าขนุนเป็นรูปที่ ๒

เมื่อพระอาจารย์เต๊อะเน็งมรณภาพลงวัดท่าขนุนได้กลายเป็นวัดร้างไปชั่วระยะหนึ่งจนกระทั่งหลวงปู่สาย อคฺควํโส (พระครูสุวรรณเสลาภรณ์) เดินธุดงค์มาจากจังหวัดนครสวรรค์ และปักกลดพักที่วัดร้างชาวบ้านเห็นวัตรปฏิบัติอันเคร่งครัดของท่าน จึงได้นิมนต์มาอยู่จำพรรษาและพัฒนาวัดสร้างเสนาสนะเพิ่มขึ้นจนกลายเป็นวัดประจำอำเภอทองผาภูมิมาจนทุกวันนี้

ในปีพ.ศ. ๒๕๓๕ หลวงปู่สาย อคฺควํโส ได้มรณภาพลง ทำให้เสนาสนะทั้งหลายได้ทรุดโทรมลงจนถึงปี พ.ศ. ๒๕๔๕ พระราชธรรมโสภณรักษาการเจ้าคณะจังหวัดกาญจนบุรีในขณะนั้น ได้มีบัญชาให้พระครูวิลาศกาญจนธรรมมาพัฒนาวัดท่าขนุน จนมีเสนาสนะที่สมบูรณ์ขึ้นอีกครั้งหนึ่ง และเป็นเจ้าอาวาสวัดท่าขนุนจนถึงปัจจุบัน