โบสถ์ฟรังซิสเซเวียร์ เป็นโบสถ์นิกายโรมันคาทอลิค สร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 3 โดยพระยาวิเศษสงคราม และพระยาณรงค์ฤทธิ์ โกษา นายทหารชั้นผู้ใหญ่ในกองทัพ ซึ่งเป็นคาทอลิก ได้ช่วยเหลือกลุ่มของคริสตังญวณที่หนีการเบียดเบียนศาสนา ในประเทศอันนัมเข้ามาในประเทศไทยพร้อมกับกองทัพไทย พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 3 ทรงมีพระทัยเมตตา จึงได้พระราชทานที่ดินซึ่งอยู่ติดกับวัดคอนเซ็ปชัญ อีกทั้งทรงพระราชทานทรัพย์ส่วนพระองค์ให้สร้างโบสถ์หลังหนึ่ง เพื่อใช้เป็นที่ประกอบศาสนกิจ โบสถ์หลังนี้สร้างด้วยไม้ไผ่ในปี ค.ศ.1835(พ.ศ. 2378) ใช้ชื่อว่าวัดแซงต์ฟรังซัวซาเวียร์

ต่อมาในปี ค.ศ. 1837(พ.ศ. 2380) เกิดพายุใหญ่พัดโบสถ์พังเสียหายพระสังฆราชกรูเวอซีได้ออกเงินให้สร้างวัดใหม่ เป็นไม้ และได้นำพระรูปแม่พระและรูปนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ จากมะนิลามาตั้งในวัดหลังที่สองนี้

เมื่อกลุ่มคริสตังที่สามเสนเพิ่มจำนวนมากขึ้น ทำให้ที่อยู่อาศัยแคบลง จึงได้มีการสร้างวัดด้วยอิฐที่มีขนาดใหญ่กว่าเดิม ใช้เวลาในการก่อสร้างนานถึง 10 ปี และสร้างเสร็จในปี พ.ศ. 2410 จึงเป็นโบสถ์หลังที่ 3 และใช้ชื่อว่าโบสถ์ฟรังซิสเซเวียร์ มีลักษณะสถาปัตยกรรมเป็นแบบนีโอโกธิคที่งดงาม โดยผนังเป็นการก่ออิฐถือปูนแบบโบราณ ไม่ใช้เหล็กและเสาเข็ม บนเพดาน มีดาวประดับเป็นลักษณะท้องฟ้า และภายในตกแต่งกระจกสีเป็นเรื่องราวในคัมภีร์ทั้งพระธรรมใหม่และพระธรรมเก่า อันงดงามสวยงาม ภายในกว้างขวาง สามารถรองรับคริสตังจำนวนมากสำหรับการทำพิธี