พระวิหารโยธานิมิตร เป็นพระอุโบสถหลังเก่า และเป็นศิลปะสมัยอยุธยา ภายในมีภาพจิตรกรรมฝาผนังเรื่องพระเวสสันดรชาดก และเป็นที่เก็บโบราณวัตถุ อาทิ หนังสือ ใบลาน คัมภีร์เทศน์ และรอยพระพุทธบาท วิหารนี้ได้รับการบูรณะครั้งล่าสุด เมื่อ พ.ศ . 2518 โดยซ่อมแซมหลังคา ประตู หน้าต่าง ฝาผนังภายนอกที่ชำรุด แต่ยังคงรักษารูปทรงเดิมไว้ และเคยเป็นสถานที่ถือน้ำพิพัฒน์สัตยาของข้าราชการเมืองตราด พระวิหารโยธานิมิตรเดิมเป็นพระอุโบสถเก่าของวัด ภายหลังได้เปลี่ยนมาเป็นวิหาร โดยจะเป็นอาคารชั้นเดียวมีสองส่วน ส่วนแรกของวิหารจะมีขนาดใหญ่ ส่วนที่สองจะเล็กกว่า เนื่องจากการย่อมุมลดขนาดลงมาและมีกำแพงแก้วล้อมรอบ มีทางเข้าวิหารด้านหน้าและด้านหลัง พระวิหารโยธานิมิตรที่ความสวยงามโดนเด่นในรูปแบบของสถาปัตยกรรมสมัยอยุธยาที่ยังคงหลงเหลืออยู่ในจังหวัดตราดและภาคตะวันออก ซึ่งได้รับการดูแลและบูรณะเป็นอย่างดี