วัดศรีจอมเรือง หรือชาวบ้านเรียกกันว่า วัดจองคํา เป็นวัดของชุมชนไทยใหญ่ (เงี้ยว) ทั้งวิหารและกุฏิของพระสงฆ์เป็นสถาปัตยกรรมแบบไทยใหญ่ ชื่อเดิม วัดจองเรือง เดิมเป็นป่ารกร้าง ปกคลุมด้วยแมกไม้นานาพันธุ์ มีซากมาแต่โบราณ มีฐานพระเจดีย์ วิหาร โบสถ์ และแนวกําแพงรอบทุกด้าน ตั้งอยู่บนจอมเขาสูง ปลายเขาลูกนี้สุดลงกับฝั่งแม่น้ำอิง มีเนื้อที่รวมทั้งธรณีสงฆ์ ประมาณ 23 ไร่

ประวัติของวัดเขียนไว้ว่า ปี พ.ศ. 2445 เมืองพะเยาได้เกิดการจลาจลเนื่องจากเกิดการเปลี่ยนแปลงการปกครองหัวเมืองในสมัยรัชกาลที่ 5 ชาวพะเยาได้พากันหนีไปอยู่เมืองลําปาง และวัดได้ร้างไปเป็นเวลา 2 ปี หลังจากนั้นประมาณ ปี พ.ศ. 2447 จึงพากันกลับมาบูรณะบ้านเมืองดังเดิม พวกไทยใหญ่ (เงี้ยว) ที่หนีไปก็พากันกลับมาบูรณะปฏิสังขรณ์วัดของตนเอง คือ วัดจองคํา ขึ้นมาใหม่ โดยมีจองมูกรัง จองส่งคํา จองส่งอ่อง จองกู่ ลุงลายคํา ลุงมา เป็นประธาน แล้วไปนิมนต์พระพม่าจากลําปาง นับแต่นั้นก็จะมีพระสายพม่า มหานิกาย มาจําพรรษาอยู่ที่วัดจองคําตลอด ทําให้วัดนี้ได้กลายเป็นวัดไทยศิลปะพม่าและไทยใหญ่ ในท่ามกลางของชุมชนไทยใหญ่ที่มีวิถีชีวิตโดดเด่นเป็นของตนเอง

กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งวัดลงวันที่ 7 มีนาคม พ.ศ. 2436 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2491 ได้ทําพิธีผูกพัทธสีมาเมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2492 และได้นิมนต์พระพม่ามหานิกาย คือ พระครูสุจิณธรรมสาร ดํารงตําแหน่งเจ้าอาวาสจนถึงปัจจุบัน