โรงเรียนวัดบางบอน ตั้งอยู่หมู่ ๕ ตำบลหัวโพธิ์ อำเภอสองพี่น้อง จังหวัดสุพรรณบุรี เป็นโรงเรียนนายอำเภอจัดตั้ง ได้เปิดโรงเรียนนี้เมื่อวันที่ ๑๒ ตุลาคม ๒๔๘๐ โดยขุนอำนวยมงคลราษฎร์ นายอำเภอสองพี่น้อง เป็นประธาน นายสนั่น เชยสุวรรณ ศึกษาธิการอำเภอสองพี่น้อง เป็นรองประธาน โรงเรียนนี้ชื่อ โรงเรียนประชาบาลตำบลหัวโพธิ์ ๒ (สหราษฎร์ศึกษาคารวัดบางบอน) ต่อมากระทรวงศึกษาธิการได้ออกระเบียบตั้งชื่อเสียใหม่ระเบียบนี้เรียกว่า ระเบียบกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยการเรียกชื่อโรงเรียนประชาบาลและเทศบาล พ.ศ. ๒๔๙๕ ให้ใช้ระเบียบนี้ตั้งแต่วันที่ ๑ เมษายน ๒๔๙๕ ฉะนั้นโรงเรียนนี้จึงชื่อว่า โรงเรียนวัดบางบอน สถานที่เรียน เมื่อเปิดเรียนได้อาศัยศาลาการเปรียญวัดบางบอนเป็นสถานที่เรียนเดิมมีหลังใหญ่เพียงหลังเดียวคับแคบมาก จึงได้หารือกับเจ้าอาวาสแก้ไขที่เรียนเป็นลำดับมา เมื่อ พ.ศ.๒๔๙๗ คณะครูประชาชนพร้อมด้วยเจ้าอาวาส ได้ร่วมกันสร้างทางด้านตะวันตก ๑ หลัง ได้จัดเป็นห้องพัสดุโรงเรียน ๑ ห้อง ที่เหลือแบ่งออกเป็นห้องครัวอีก ๑ ห้อง ตรงกลางมีมุขจัดเป็นห้องพักครู ตัวอาคารจัดเป็นห้องเรียนได้ ๒ ห้อง ในปีเดียวกันได้จัดการเปลี่ยนกระเบื้องระแนง จันทันบางตัว (เพราะของเก่าชำรุดมาก) ในส่วนที่เป็นระเบียงทั้งสี่ด้านให้ดีขึ้น ปี พ.ศ. ๒๕๐๒ ได้ต่อศาลาการเปรียญหลังใหญ่ไปทางด้านตะวันตกอีก ๒ ห้อง จึงทำให้สถานที่เรียนกว้างขวางดีขึ้น ครั้นถึง พ.ศ. ๒๕๐๓ เจ้าอาวาส กรรมการศึกษา ครูและประชาชน ได้ช่วยกันหาเงินเพื่อสร้างโรงเรียนเป็นเอกเทศ ส่วนถานที่ทางวัดได้มอบที่ทางทิศใต้ของวัดให้ประมาณ ๓ ไร่ แต่ไม่พอ นายสำเริง บุญวงษ์ นางเหลือ บุญวงษ์ ได้ซื้อที่ทางทิศตะวันตก ๑ ไร่ราคา ๑,๕๐๐บาท มอบให้เป็นสมบัติของโรงเรียน การก่อสร้างได้เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๐๔ เป็นต้นมาจนถึง พ.ศ. ๒๕๐๗ ก็ยกเครื่องบนและมุงหลังคาเสร็จในปลายปีนี้ ได้ขอเงินสมทบ ๗๐,๐๐๐.-บาทจากรัฐบาล มาได้ ในปี พ.ศ. ๒๕๐๘ ก็ดำเนินการสร้างต่อไปจนเสร็จ คงใช้เงินประชาชนร่วมบริจาคทั้งสิ้น ๑๓๐,๙๒๕ บาท รวมค่าก่อสร้างทั้งสองประเภท ๒๐๐,๙๒๕ บาท รวมเป็นเวลาก่อสร้าง ๕ ปี ได้ทำการย้ายมาเรียนอาคารหลังใหม่นี้ เมื่อวันที่ ๒ กันยายน ๒๕๐๘ พ.ศ. ๒๕๑๗ ทางองค์การบริหารส่วนจังหวัดได้จัดสรรเงินให้เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนประถมปลาย ๑ หลัง จำนวน ๔ ห้องเรียนเป็นเงิน ๒๓๐,๐๐๐บาท เจ้าอาวาส คณะกรรมการศึกษาและคณะครูช่วยสมทบ ๓๐,๐๐๐.-บาท รวมค่าก่อสร้าง ๒๖๐,๐๐๐.-บาท เริ่มดำเนินงานสร้างตั้งแต่ ๑ กรกฎาคม ๒๕๑๗ แล้วเสร็จในเดือนพฤศจิกายน ๒๕๑๗ คณะกรรมการตรวจรับอาคารเรียนเมื่อวันที่ ๒๐ พฤศจิกายน ๒๕๑๗ และได้ย้ายชั้นเรียนประถมปลาย มาเรียนอาคารหลังใหม่ในวันที่ ๒๐ พฤศจิกายน ๒๕๑๗ พ.ศ.๒๕๑๘ คณะกรรมการศึกษาได้จัดการสร้างอาคารต่อเติมระหว่างโรงเรียนหลังเก่ากับหลังใหม่ให้ติดกัน ใช้ทำเป็นโรงอาหาร โดยใช้เงินผันของสภาตำบลหัวโพธิ์ ๑๐,๐๐๐ บาท กรรมการศึกษาหาสมทบอีก ๑๕,๖๘๘.-บาท รวม ๒๕,๖๘๘.-บาท สร้างเสร็จและมอบให้ทางโรงเรียนใช้เมื่อ ๑๖ กันยายน ๒๕๑๘ พ.ศ.๒๕๒๖ ทาง สปช. ได้จัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเอนกประสงค์ ใช้งบประมาณของทางราชการเป็นจำนวนเงิน ๓๓๐,๐๐๐.-บาท เริ่มดำเนินก่อสร้างตั้งแต่วันที่ ๒๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๒๖ การดำรงโรงเรียน เดิมอยู่ด้วยเครติดของรัฐบาล แล้วเปลี่ยนมาเป็นเงินการประถมศึกษา เงินช่วยการประถมศึกษาในปี ๒๔๗๑ ออกพระราชบัญญัติยกฐานะครูประชาบาลเป็นข้าราชการ จึงดำรงอยู่ด้วยเงินงบประมาณแผ่นดินตลอดมา ในปี ๒๕๐๙ ทางราชการได้โอนโรงเรียนมาขึ้นอยู่กับองค์การบริหารส่วนจังหวัด การสอนได้จัดการสอนตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการ ครั้งแรกจัดเป็น ๔ ชั้น คือ ชั้นประถมปีที่ ๑ - ๔ ครั้นต่อมาปี ๒๔๘๓ ทางราชการสั่งให้มีชั้นเตรียมประถมอีกชั้นหนึ่ง ถึงปี ๒๔๙๑ รัฐบาลได้วางแผนการศึกษาชาติขึ้นใหม่ ชั้นเตรียมประถมไม่มี แต่บัดนั้นมาคงมีแต่ชั้นประถมหนึ่งถึงสี่ตามเดิม พ.ศ.๒๕๐๓ รัฐบาลเปลี่ยนแผนการศึกษาใหม่เริ่มใช้ตั้งแต่ พ.ศ.๒๕๐๔ เป็นต้นมา ได้ใช้หลักสูตรและประมวลการสอนใหม่ ใช้วีวัดผลใหม่โดยวัดระหว่างปี ๕ ครั้ง ปลายปี ๑ ครั้ง ปี ๒๕๒๑ กระทรวงศึกษาธิการเปลี่ยนหลักสูตรการสอนใหม่และยังใช้อยู่จนปัจจุบันนี้ จำนวนครู เมื่อโรงเรียนเปิดได้แต่งตั้งให้ นายจอย คำบัณฑิตย์ ครูใหญ่โรงเรียนวัดท่าจัด มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ จนถึงวันที่ ๓๐ เมษายน ๒๕๑๒ ต่อจากนั้นนายกุล เกิดโภคา ครูใหญ่โรงเรียนวัดท่าจัดได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนตั้งแต่วันที่ ๑ พฤษภาคม ๒๕๑๒ จนถึง ๓๐ กันยายน ๒๕๒๕ ต่อจากนั้น นายประกิจ บัวพิมพ์ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านดอนกระเบื้อง ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนตั้งแต่วันที่ ๑ พฤษภาคม ๒๕๒๖ จนถึงปัจจุบันมีครู ๑๗ คน โรงเรียนประถมศึกษาตอนปลายในปี ๒๕๑๕ นายกุล เกิดโภคา ครูใหญ่และคณะกรรมการศึกษา พร้อมด้วยเจ้าอาวาสและประชาชน เห็นว่าควรขยายมาตรฐานการศึกษาในท้องถิ่นนี้ให้สูงขึ้น จึงขอเปิดชั้นประถมตอนปลาย ป.๕-๗ ประเภทไม่บังคับเรีย ขึ้น ได้รับอนุญาตให้เปิดเรียน ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๑๕ เป็นต้นไป พ.ศ. ๒๕๒๐ กระทรวงศึกษาได้เปลี่ยนแผนการศึกษาใหม่เป็นการศึกษาภาคบังคับตั้งแต่ ป.๑ - ๖ โดยรวมประถมต้นประถมปลายเข้าด้วยกันและยุบชั้น ป.๗ ออก ปัจจุบันคงมีชั้น ป.๑ - ๖ ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๒๑ เป็นต้นไป