โรงเรียนบ้านธารน้ำผึ้ง จัดตั้งขึ้นโดยนายยูโซ๊ะ บุดี และราษฎรในหมู่ที่ ๓ ตำบลสะเตงนอก อำเภอเมืองยะลา จังหวัดยะลา โดยมีพัฒนากร กำนัน ผู้ใหญ่บ้านและผู้สนับสนุนร่วมกันเสนอให้ทางราชการเปิดขึ้นเพื่อให้การศึกษาแก่บุตรหลานของตน ซึ่งไม่มีโอกาสได้เล่าเรียนพร้อมกับได้สร้างอาคารชั่วคราว ขนาด ๖×๘ เมตร ขึ้นในที่ดินของนายบราเฮง สาแม ซึ่งได้มอบให้เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน เป็นเนื้อที่ ๖ ไร่ และได้เปิดทำการสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๑๖ โดยให้ชื่อว่า “โรงเรียนบ้านจาเราะบุรงมานี” และทางราชการได้ย้ายนายสุมน พรรณรัตน์ มาดำรงตำแหน่งครู และได้แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ในโอกาสต่อมา

เมื่อวันที่ ๑๓ มิถุนายน ๒๕๑๖ โดยความเห็นชอบของคณะกรรมการสถานศึกษา ได้ขออนุญาตเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่และได้รับอนุมัติเมื่อวันที่ ๒๙ มิถุนายน ๒๕๑๖ โดยเปลี่ยนเป็น “โรงเรียนบ้านธารน้ำผึ้ง”

โดยผู้อำนวยการโรงเรียน ชื่อ-สกุล นายแบบ เพ็ชรมณี ดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนนี้ตั้งแต่ วันที่ ๑๐ ตุลาคม ๒๕๕๑ จนถึงปัจจุบัน เป็นเวลา ๓ ปี ๖ เดือน