วัดป่าบนเนิน ตั้งอยู่หมู่ที่ ๑๐ ตำบลลานหอย อำเภอบ้านด่านลานหอย จังหวัดสุโขทัย พื้นที่บริเวณวัดเป็นป่าไม้ร่มรื่นติดกับเทือกเขาอุทยานแห่งชาติรามคำแหง
วัดป่าบนเนิน ได้รับอนุญาตจากกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้ใช้พื้นที่ของป่าไม้เขตเขาหลวงจำนวน ๖ ไร่ ๒ งาน อนุญาตให้สร้างวัด และกันเขตให้วัดช่วยงาน ดูแลป่าไม้เพิ่มอีก จำนวน ๓๐๐ ไร่
วัดได้รับประกาศจากสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติให้อนุญาตสร้างวัดได้เมื่อวันที่ ๒๙ เมษายน พุทธศักราช ๒๕๔๘
ประกาศอนุญาตตั้งวัดได้เมื่อวันที่ ๓๐ ธันวาคม พุทธศักราช ๒๕๔๘ โดยให้ชื่อวัดว่า “ วัดป่าบนเนิน” เลขที่ ๑๒๑ หมู่ที่ ๑๐ ตำบลลานหอย อำเภอบ้านด่านลานหอย จังหวัดสุโขทัย
เมื่อวันที่ ๑ เมษายน พุทธศักราช ๒๕๔๙ ได้รับการแต่งตั้งพระครูสังฆรักษ์ อุดร ฐิตธมฺโม เป็นเจ้าอาวาสวัดป่าบนเนิน และได้มีชาวจีนฮ่องกง ชื่อคุณยี่เล้ง มีจิตศรัทธาถวายปัจจัย ก้อนแรกเพื่อเป็นทุนในการที่จะสร้างอุโบสถ ก่อนจำนวนเงิน ๒,๐๐๐,๐๐๐ บาท (สองล้านบาท) จึงได้กราบเรียนปรึกษากับพระเดชพระคุณหลวงพ่อพระธรรมกวี เจ้าอาวาสวัดราชาธิวาสวิหาร กรุงเทพมหานคร ว่าจะสร้างอุโบสถขึ้น ๑ หลังเพราะว่ามีทุนที่จะดำเนินการก่อสร้างได้ก่อนแล้ว จึงได้จัดให้มีงานพิธีวางศิลาฤกษ์อุโบสถเมื่อวันที่ ๖ พฤษภาคม พุทธศักราช ๒๕๔๙ และได้ทำหนังสือเข้าไปกราบอาราธนานิมนต์เจ้าประคุณสมเด็จพระญาณวโรดม เจ้าอาวาสวัดเทพศิรินทราวาส กรุงเทพมหานครมาเป็นประธานในการวางศิลาฤกษ์อุโบสถแต่เมื่อถึงวันที่จะเดินทางมาเจ้าประคุณสมเด็จพระญาณวโรดม ติดนิมนต์ ท่านจึงมอบหมายให้ พระเดชพระคุณพระธรรมกวี เจ้าอาวาสวัดราชาธิวาสวิหาร มาเป็นประธานในการวางศิลาฤกษ์อุโบสถ แทน หลังจากนั้นได้ดำเนินการก่อสร้างอุโบสถโดยออกแบบพิเศษโดยพระครูสังฆรักษ์ อุดร เจ้าอาวาสวัดป่าบนเนิน ให้เป็นอุโบสถกึ่งวิหารเพื่อที่จะได้ใช้พื้นที่บำเพ็ญประโยชน์ได้หลายอย่างโดยมีขนาดความกว้างของตัวอุโบสถ ๑๘ เมตร ยาว ๒๘ เมตร ใช้ระยะเวลาก่อสร้าง ๒ ปี จึงแล้วเสร็จสิ้นงบประมาณก่อสร้าง ๕,๐๐๐,๐๐๐ บาท( ห้าล้านบาทเศษ) จากนั้นได้ทำหนังสือขอรับพระราชทานวิสุงคามสีมา
วัดได้รับประกาศวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ ๒๐ เดือนกันยายน พุทธศักราช ๒๕๕๐ และลงหลักปักหมายเขตเมื่อวันที่ ๓๐ มีนาคม พุทธศักราช ๒๕๕๑ โดยมีพระครูถาวรธรรมโกวิท เจ้าคณะอำเภอจังหวัดอุตรดิตถ์ – สุโขทัย และนายวันชัย ภูษิต นายอำเภอบ้านด่านลานหอย เป็นประธานในการปักเขตวิสูงคามสีมา และได้ทำพิธีสวดถอนสีมาเมื่อวันที่ ๑๐ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๕๑ โดยมีคณะสงฆ์จำนวน ๑๕๐ รูปทำพิธีสวดถอนสีมา เมื่อสวดถอนสีมาแล้วได้จัดให้มีงานปิดทองลูก - ฝังลูกนิมิต – ผูกพัทธสีมา ขึ้นในระหว่างวันที่ ๒๙ ธันวาคม พุทธศักราช ๒๕๕๑ ถึงวันที่ ๔ มกราคม พุทธศักราช ๒๕๕๒ โดยมีพระธรรมวราลังการ วัดเพชรวราราม จังหวัดเพชรบูรณ์ เจ้าคณะภาค ๔-๕-๖-๗ ( ธรรมยุต) เป็นประธานในการเปิดผ้าคลุมลูกนิมิต พร้อมกับ นายอำเภอบ้านด่านลานหอย และในวันที่ ๔ มกราคม พ.ศ. ๒๕๕๒ เจ้าประคุณสมเด็จพระวันรัต รักษาการเจ้าคณะใหญ่ฝ่ายธรรมยุต วัดบวรนิเวศวิหาร กรุงเทพมหานคร ทรงโปรดเมตตาเดินทางมาเป็นประธานตัดหวายลูกนิมิต และผูกพัทธสีมา ให้กับวัดป่าบนเนิน
ปัจจุบันวัดป่าบนเนิน เป็นศูนย์รวมจิตใจของพุทธศาสนิกชน นักเรียนนักศึกษาทั้งไกลและใกล้เดินทางเข้ามาประพฤติปฏิบัติธรรม จัดกิจกรรมในทางพระพุทธศาสนาอย่างต่อเนื่อง