ที่มาของชื่อหมู่บ้านแต่เดิมนั้นเมืองกองแก้วมหาชัย ซึ่งอยู่ฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขงผู้คนก็ได้ข้ามมาตั้งบ้านเรือนอยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำโขง ที่บ้านตองโขบ ต่อมาได้เกิดภัยธรรมชาติผู้คนจึงพากันอพยพไปทางใต้ก็เลยตั้งหมู่บ้านขึ้นชื่อว่าบ้าน กุดค้า อยู่ได้ไม่นานเกิดอหิวาตกโรคจึงพากันอพยพมาทางทิศใต้ของหมู่บ้านกุดค้าแล้วไดตั้งบ้านขึ้นอีกว่า บ้านค้อน้อย เพราะในหมู่บ้านนั้นมีต้นค้อ

บ้านค้อน้อยเริ่มก่อตั้งในปี พ.ศ. 2111 หรือประมาณ 433 ปีมาล้วคนกลุ่มแรกที่เข้ามาเริ่มก่อตั้งหมู่บ้านก็มี ตาเฟียทิพย์ อายาขุมเงิน ตากวานโรงศรี ตาศรีวิชา ตาน้อย ตาเฟีย ตากวานชัย อายาวัลลาแสง และอายาชยะกุมมาร คนกลุ่มแรกที่เข้ามาตั้งหมู่บ้านนี้อพยพมาจากเมืองกองแก้วมหาชัย บ้านค้อน้อยเป็นกลุ่มชนชาวภูไท เหตุที่แต่ละกลุ่มนี้อพยพมาจากบ้านเดิมเพราะว่าเกิดโรคอหิวาตกโรคและเกิดภัยธรรมชาติ สภาพทางภูมิศาสตร์ของหมู่บ้านนี้ก่อนที่จะตั้งหมู่บ้านนี้เป็นป่าดงดิบ และในปัจจุบันหนองน้ำ ห้วย ป่า ที่เคยมีอดีตก็ยังมีอยู่เหมือนเดิมอาชีพครั้งแรกของแรกของราษฎรที่อพยพมาอยู่หมู่บ้านก็จะมีการมีการทำไร่ข้าว เพราะตอนนั้นยังไม่มีนา การล่าสัตว์อาชีพนี้ก็ดีเพราะในสมัยนั้นป่ามีมากสัตว์ต่าง ๆ ก็มีมากมายแต่การล่าสัตว์ในสมัยนั้นจะหาล่าสัตว์มาเป็นอาหารภายในครอบครัวเท่านั้นจะไม่เหมือนดังเช่นในปัจจุบันนี้ ในปัจจุบันนี้จะหามาขาย หามาเลี้ยงไว้ใช้งานและอาชีพหนึ่งก็คือการเลี้ยงสัตว์ ตั้งแต่เริ่มตั้งหมู่บ้านจนถึงปัจจุบันราษฎรมีการเปลี่ยนแปลงอาชีพ เช่น การทำไร่พริก การทำไร่ฝ้าย และการทำไร่ข้าว แล้เมื่อเริ่มก่อตั้งหมู่บ้านมีสภาพเป็นถนนแบบทางเกวียน มีถนนในหมู่บ้านทั้งหมด ยาว 350 เมตร ไฟฟ้าเข้าสู่หมู่บ้านเมื่อ พ.ศ. 2529 และประปาหมู่บ้านสร้างเมื่อ พ.ศ.2530 ที่ผ่านมานี้เอง