เจดีย์มหาชนะชัย สร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ.๒๕๓๙ ในวโรกาสเป็นปีมหามงคลกาญจนาภิเษกที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงครองสิริราชสมบัติครบ ๕๐ ปี เป็นวาระอันเป็นมงคลสูงสุด ที่เกิดจากศรัทธาอันแรงกล้าของสาธุชนใฝ่กุศล โดยดัดแปลงจากแบบพระเจดีย์

วัดสมเด็จพระญาณสังวร จังหวัดชลบุรี เป็นแบบระฆังคว่ำ สูง ๔๕ เมตร เส้นผ่าศูนย์กลาง ฐานเจดีย์ ๒๕ เมตร ๓ ชั้น เมื่อ พ.ศ.๒๕๔๓ ได้ยกฉัตรทองคำประดับยอดเจดีย์ สร้างเสร็จสมบูรณ์ เมื่อ พ.ศ.๒๕๔๙ เจดีย์มหาชนะชัยมีความงดงามโดดเด่นเป็นสง่าเปล่งประกายสีขาวนวล ท่ามกลางแมกไม้เขียวขจี ถือเป็นอีกหนึ่งพุทธสถานสำคัญของวัดพระพุทธบาทยโสธร ยังประโยชน์สูงสุดในพระพุทธศาสนาและวัฒนธรรมท้องถิ่น

ชั้นที่ ๑ เป็นสถานที่จัดกิจกรรมทางศาสนาและประเพณี และจัดห้องสมุดศิลปวัฒนธรรมท้องถิ่น
ชั้นที่ ๒ ประดิษฐานรูปเหมือนพระอริยะสงฆ์
ชั้นที่ ๓ ประดิษฐานพระบรมสารืริกธาตุ