วิหารวัดน้ำฮูนี้ สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2474 โดยครูบาเจ้าศรีวิชัยเพื่อใช้เป็นที่ประดิษฐานพระพุทยรูปอุ่นเมือง ซึ่งเป็นปูชนียวัตถุสำคัญคู่เมืองปาย มีลักษณะสถาปัตยกรรมแบบล้านนา ต่อมาวิหารหลังนี้ได้ทรุดโทรมลงไม่สามารถใช้ประดิษฐานพระพุทยรูปอุ่นเมืองใต้ จึงมีการบูรณะวิหารหลังนี้ โดยให้คงลักษณะสถาปัตยกรรมตามแบบเดิมให้มากที่สุดเพื่อเป็นการอนุรักษ์โบราณสถานเมื่อปี พ.ศ.2533-2535และได้อัญเชิญพระพุทธรูปอุ่นเมืองเข้าประดิษฐานในอิหารดังเดิม