พระเจดีย์นี้ไม่มีการบันทึกประวัติศาสตร์การสร้างชัดเจนเชื่อกันว่าสร้างโดยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เพื่อบรรจุพระอัฐิของสมเด็จพระพี่นางสุพรรณกัลยา ซึ่งได้เสด็จไปเป็นตัวประกันที่พม่าแทนสมเด็จพระนเรศวรมหาราช แต่ต่อมาได้ถูกปลงพระชนม์ที่พม่านั่นเอง ภายในพระเจดีย์นี้ยังบรรจุเส้นพระเกศาของสมเด็จพระพี่นางฯ ไว้ด้วย สมเด็จพระพี่นางสุพรรณกัลยาเป็นวีรสตรีไทยที่ประวัติศาสตร์ควรจารึกไว้หากไม่มีพระองค์สมเด็จพระนเรศวรมหาราชอาจไม่มีโอกาสกลับมากอบกู้เอกราช