วัดนาคาเทวี สภาพเดิมเป็นเนินเขาที่มีขนาดไม่สูงนัก ที่เรียกกันว่า ภูน้อย เป็นป่าดงดิบ มีสัตว์ป่าอาศัยอยู่มากมาย กระทั่ง พ.ศ. 2454 หลวงปู่หน่อย ญาณยุตโต (สกุลเดิม ละชินลา) ชาวตำบลนาพู่ อำเภอเพ็ญ จังหวัดอุดรธานี ได้อุปสมบทจำพรรษาอยู่ที่วัดบัวจูม (บ้านขาวในปัจจุบัน) ได้ธุดงค์มาพร้อมกับชาวบ้าน 5 ครอบครัว ได้ทำการเสี่ยงไม้วา (เป็นประเพณีดั้งเดิมของการเสี่ยงทาย) ขออนุญาตเจ้าที่และสำรวจบริเวณดังกล่าว พบว่าสถานที่แห่งนี้เป็นวัดมาก่อน เพราะได้พบเห็นฐานพร้อมพระพุทธรูปแต่ไม่มีเศียร และใกล้กันได้พบรูเล็กๆ อยู่ด้านหลังอุโบสถเก่า (ความกว้าง 15 นิ้ว) รูนี้เมื่อถึงวันพระวันโกนชาวบ้านจะเห็นควันพวยพุ่งออกมา และว่ากันว่าทางทิศเหนือของวัดมีแอ่งน้ำที่เรียกว่า บวกเงือก ซึ่งน้ำจะไม่แห้งตลอดปี (ปัจจุบันถมแล้ว) ถ้าวันใดฝนตกจะมีงูใหญ่มาเล่นน้ำเป็นประจำ และวันเข้าพรรษาจะได้ยินเสียงฆ้องดังกระหึ่ม มีดวงแก้วลอยอมีควันพวยพุ่งออกมา ครั้งนั้นหลวงปู่หน่อยได้นิมิตเห็นว่าสถานที่แห่งนี้เป็นที่อาศัยของพญานาคตัวเมียที่คอยปกปักรักษาคุ้มครองผู้ที่ประพฤติปฏิบัติชอบ และเชื่อกันว่าเสียงร้องที่ดังออกจากรูเป็นเสียงร้องของพญานาค หลวงปู่หน่อยจึงได้ตั้งวัดขึ้น ณ แห่งนี้ โดยตั้งชื่อว่า “ วัดนาคาทวี ” และตั้งชื่อหมู่บ้านว่า “ บ้านนาคา ” ต่อมาชื่อหมู่บ้านเรียกผิดเพี้ยนไปเป็น “ บ้านนาข่า ” แต่วัดยังเป็นชื่อวัดนาคาเทวีเช่นเดิม