หมู่บ้านบางขนาก เป็นหมู่บ้านเก่แก่ตั้งอยู่ริมคลองแสนแสบยาวตลอดสาย ชื่อเดิมว่า “สามหอม” และมีคนเล่าสืบต่อกันมา เกี่ยวกับชื่อของหมู่บ้านว่า ในบริเวณนั้นมีต้นขนากขึ้นอยู่เป็นจำนวนมาก จากการที่อยู่ริมคลองชาวบ้านก็จับปลามาเป็นอาหารประจำ และแถวนี้มีปลาขนากชุกชุมมาก จึงได้ตั้งชื่อตำบลนี้ตามสิ่งแวดล้อมว่า บางขนาก ชื่อหมู่บ้านที่อยู่ในเขตตำบลบางขนาก ได้แก่ บ้านบางขนาก บ้านประตูน้ำ บ้านชีปะขาว บ้านคลองสะแก บ้านบางอ้อ บ้านหลักร้อย บ้านสะพานรถไฟ บ้านต้นสำโรง บ้านตอกระทุ่ม บ้านประจำรัง บ้านลาดบางกระเบน และบ้านสามหอม

อาณาเขตตำบลบางขนาก

ทิศเหนือ ติดกับ ต.โยธะกา และ ต.หมอนทอง อ.บางน้ำเปรี้ยว จ.ฉะเชิงเทรา
ทิศใต้ ติดกับ ต.โพรงอากาศ อ.บางน้ำเปรี้ยว จ.ฉะเชิงเทรา และ กิ่ง อ.คลองเขื่อน จ.ฉะเชิงเทรา
ทิศตะวันออก ติดกับ ต.บางแตน อ.บ้านสร้าง จ.ปราจีนบุรี
ทิศตะวันตก ติดกับ ต.หมอนทอง และ ต.โพรงอากาศ อ.บางน้ำเปรี้ยว จ.ฉะเชิงเทรา

- พื้นที่ตำบลบางขนาก เป็นที่ราบลุ่ม พื้นที่ทั้งหมดอยู่ในเขตชลประทาน มีแหล่งน้ำล้อมรอบทั้งแม่น้ำและคลองส่งน้ำ

- อาชีพหลัก ทำนา, ทำสวน, เลี้ยงกุ้งกุลาดำ ,อาชีพเสริม,รับจ้าง

- ตำบลบางขนาก แบ่งเขตการปกครองเป็น เขตเทศบาล และ เทศบาลคลองแสนแสบ(เดิมคือ องค์การบริหารส่วน ตำบลบางขนาก) มีจำนวนประชากร เขตเทศบาลตำบลบางขนาก 2,280 คน และในเขตเทศบาลคลองแสนแสบ จำนวน 3,107 คน

- จำนวนศาสนสถานในตำบลบางขนาก มีวัด 4 วัด มัสยิด ไม่มี

ปัจจุบันตำบลบางขนาก เป็นตำบลที่มีลักษณะทางภูมิศาตร์ตามธรรมชาติสวยงาม มีคลองล้อมรอบ จัดทำให้เป็นแหล่งท่องเที่ยวเชิงวัฒนธรรมที่สวยงามตามธรรมชาติได้ คือ “คุ้มบุญส่ง” มีการนวดแผนโบราณ และเป็นแหล่งผลิตสินค้าทางวัฒนธรรมที่ได้รับการพิจารณาให้เป็นสินค้า OTOP ของจังหวัดฉะเชิงเทรา

ปัจจุบันมีนายสมมาตร์ กาญจนวัฒน์ เป็นกำนันประจำตำบลบางขนาก